Wo findet man das Reference Manual des SAMD21-Mikrocontrollers?

Es gibt kein solches Reference Manual. Alle Informationen sind im SAMD21-Datenblatt enthalten.

Während du vielleicht eher mit Mikrocontrollern wie dem STM32 vertraut bist, bei denen es für jede Sub-Familie ein Datenblatt und ein separates Reference Manual gibt, hat Microchip/Atmel sich entschieden, alle Informationen im Datenblatt zu inkludieren.