TechOverflow Logo
TechOverflow

在 Python 中读取 matblas 替换矩阵

English Deutsch 简体中文

问题：

你想将 matblas 格式的替换矩阵（例如来自 NCBI 的此 BLOSUM62）读入 numpy ndarray。

解决方案

使用此代码片段：

read_matblas.py
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
from __future__ import with_statement
import numpy

__author__  = "Uli Köhler"
__license__ = "Apache License v2.0"
__version__ = "1.0"

def readMatblasAlignmentMatrix(filename):
    """
    读取 matblas 格式的替换矩阵。

    关键字参数：
        filename：要从中读取矩阵的文件名

    返回元组（列/行列表，numpy 替换矩阵）
    """
    with open(filename) as infile:
        currentRow = 0
        for line in infile:
            if line.startswith("#"): continue
            elif line.startswith(" "): #列指示器
                columns = line.split()
                matrix = numpy.empty((len(columns), len(columns)), dtype=numpy.int32)
            else: #矩阵行
                parts = line.split()
                assert(len(parts) == len(columns) + 1)
                #假设行的顺序与列相同
                assert(columns[currentRow] == parts[0])
                matrix[:,currentRow] = parts[1:]
                currentRow += 1
        return (columns, matrix)
Check out similar posts by category: Python